เป็นที่รู้กันว่าการออกกำลังกายเป็นตัวควบคุมที่สำคัญของเมแทบอลิซึมของกล้ามเนื้อโครงร่าง และการทำงานของกล้ามเนื้อโครงร่างนั้นสัมพันธ์อย่างมากกับวงจร circadian ของร่างกาย มีการบันทึกไว้อย่างดีว่าการด้อยค่าของระบบ circadian ของกล้ามเนื้อโครงร่างสามารถนำไปสู่ผลที่ตามมาของการเผาผลาญที่ร้ายแรง เนื่องจากการออกกำลังกายเป็นโมดูเลเตอร์ที่จำเป็นของนาฬิกา circadian ของกล้ามเนื้อโครงร่าง การออกกำลังกาย ในเวลาที่เหมาะสมสามารถบรรเทาผลเสียของการอดนอนได้อย่างมาก โดยทั่วไปมีความเชื่ออย่างกว้างขวางว่าเวลาออกกำลังกายที่ดีที่สุดคือตอนเช้าตรู่ การศึกษาพบว่าการออกกำลังกายแบบแอโรบิกในตอนเช้าทำให้ความดันโลหิตซิสโตลิกขณะออกหากินเวลากลางคืนลดลงอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเปรียบเทียบกับการออกกำลังกายในช่วงบ่ายหรือเย็น การออกกำลังกายตอนเช้ายังสัมพันธ์กับระยะเวลาการนอนหลับลึกที่เพิ่มขึ้นในตอนกลางคืนอีกด้วย